Pondok Pesantren Gedongan merupakan sebuah kompleks pesantren yang terletak di Ds. Ender Kec. Pangenan Kab. Cirebon, Pesantren Gedongan merupakan pondok pesantren yang pertama kali didirikan oleh KH. Muhammad Said pada pertengahan abad ke 19 Masehi.
Gedongan sendiri, merupakan salah satu pedukuhan atau pada zaman dulu disebut sebagai tempat menyimpan barang-barang antik peninggalan para wali yang berada di pemerintahan Ds. Ender bersama dengan dua pedukuhan lain yaitu Rakit dan Kubang bango.
Sejarah Pesantren Gedongan dimulai saat KH. Muhammad Said mengasingkan diri ke wilayah ini dalam rangka ‘uzlah ke timur Cirebon.
Dalam pengasingannya, beliau ditemani oleh istrinya, Ny. Maemunah puteri dari Kyai Mutta’ad beserta sejumlah murid ayahnya dan beberapa calon muridnya pada saat itu. KH. Muhammad Sa’id melakukan ‘uzlah ini atas dasar kebingungannya dalam mencari sasaran dakwah. Hal ini karena, jika ia berdakwah di pesantren milik ayahnya, terdapat rasa su’ul adab dan perasaan kurang leluasa dalam berdakwah, begitu pun jikalau ia berdakwah di tempat kakak iparnya di Pondok Pesantren Bendakerep atau adik iparnya di Buntet Pesantren.
Oleh karena itu, KH. Muhammad Sa’id memutuskan untuk mencari lokasi lain agar dakwahnya bisa jauh lebih optimal dan beliaupun lebih tenang dalam menjalankan serta menyebarkan ilmu.
Sebelum pengasingan itu di mulai, KH. Muhammad Sa’id terlebih dahulu melakukan musyawarah dan meminta ijin kepada sultan Kasepuhan Cirebon, hal ini dikarenakan tanah tempat pengasingannya merupakan milik sang ayah atas pemberian Sultan.
Yang mana kemudian KH. Muhammad Sa’id pun di berikan ijin untuk menempati tanah yang kebetulan masih hutan pada masa itu. Dari sinilah KH. Muhammad Said mulai menyebarkan dakwah nya dengan metode islamisasi nusantara melalui proses pernikahan.
Dari sini juga, secara bertahap tumbuh kepala-kepala keluarga serta bangunan-bangunan rumah mereka yang akhirnya membentuk komunitas sosial dalam padukuhan Gedongan. Wilayah yang tadinya hanya hutan belantara dan pesawahan kini makin mahsyur dengan hadirnya pondok Pesantren yang di asuh oleh KH. Muhammad Sa’id pada waktu itu.
Begitupun setelah ia wafat, Pesantren Gedongan makin mahsyur dibawah asuhan keturunan keturunan KH. Muhammad Sa’id.
